Dal 1984 al 1996 ha collaborato con la Presidenza del Consiglio, ove ha svolto, fra le altre, le funzioni di Segretario della Conferenza Stato-Regioni, di Capo del Servizio studi del Ministro per gli affari regionali e di Capo dell’Ufficio legislativo del Ministro per le politiche comunitarie.
Dal 2002 al 2005 ha ricoperto l’incarico di Capo di Gabinetto del Ministro per i beni e le attività culturali, contribuendo all’impostazione di importanti riforme normative, quali il nuovo Codice dei beni culturali e del paesaggio e la nuova legge sul cinema.
Componente del Consiglio degli esperti del Ministero dell’Economia, ha svolto le funzioni di Presidente del Collegio dei revisori dei conti del CONI ed è stato membro della Commissione di garanzia della Giustizia sportiva della FIGC..
Presidente aggiunto della Corte dei conti dal 2012, Segretario generale dal 2007 al 2010, Presidente di Sezione dal 2002, ha rivestito importanti funzioni nei diversi settori di questa Istituzione (giurisdizione, controllo ed amministrazione attiva) ed è stato uno dei primi magistrati a svolgere in concreto la funzione del controllo sulla gestione.
Impegnato sul versante internazionale, ha rappresentato la Corte in incontri con le Organizzazioni Internazionali di cui l’Istituto fa parte - l’Intosai (International Organization of the Supreme Audit Institutions), l’Eurosai (European Organization of the Supreme Audit Institutions) ed il Comitato di contatto tra i presidenti delle Istituzioni superiori di controllo degli Stati membri dell’UE.
Raffaele Squitieri è stato nominato Presidente della Corte dei conti con D.P.R. del 4 novembre 2013.
Squitieri si è distinto anche per la sua attività di docente e studioso. Assistente del Prof. Massimo Severo Giannini, ha tenuto lezioni e diretto corsi nelle materie giuridiche ed economiche presso università e scuole di alta formazione professionale.
È autore di articoli sulle materie della contabilità e del diritto pubblico e comunitario; numerose le sue partecipazioni in convegni su tematiche pubblicistiche.
È Presidente dell’Associazione dei Cavalieri di Gran Croce al merito della Repubblica italiana.
Ha ricoperto la carica di Presidente della Corte dei conti dal 4 novembre 2013 fino al 30 giugno 2016.