La Corte dei conti ha sempre svolto sin dalla legge istitutiva 14 agosto 1862 n. 800 funzioni giurisdizionali, in materia di giudizi di conto (giudizio sui conti dei c.d. agenti contabili) e di responsabilità dei contabili ed altri agenti pubblici per i "valori" perduti per loro colpa e negligenza. Anche in materia pensionistica la Corte, che sulla base della legge istitutiva (art. 11) liquidava le pensioni, in caso di reclamo giudicava con le forme della giurisdizione contenziosa.
La Costituzione della Repubblica, all’art. 103, dopo ampio dibattito in sede di Assemblea costituente, ha mantenuto l’attribuzione alla Corte dei conti sia delle funzioni di controllo che di quelle giurisdizionali.
L’art. 103 della Costituzione assegna alla Corte la giurisdizione nelle "materie di contabilità pubblica". Detta espressione deve essere ben chiarita, nel senso che essa si riferisce alle origini della giurisdizione della Corte che, come ricordato, giudicava in materia di giudizi di conto e di responsabilità.
Il concetto, interpretato in modo evolutivo anche alla luce delle trasformazioni dell’agire amministrativo, va inteso nel senso che la Corte dei conti è competente a giudicare agenti contabili, amministratori e funzionari pubblici per tutte le vicende comunque concernenti la gestione di risorse pubbliche (in senso ampio).
Inoltre, la Corte ha la giurisdizione nella materia delle pensioni civili, militari e di guerra.