La Sezione delle Autonomie (fino al 16 luglio 2003 denominata Sezione Autonomie) è espressione delle Sezioni regionali di controllo ai fini del coordinamento della finanza pubblica. Riferisce al Parlamento, almeno una volta l'anno, sugli andamenti complessivi della finanza regionale e locale per la verifica del rispetto degli equilibri di bilancio da parte di Comuni, Province, Città metropolitane e Regioni, in relazione al patto di stabilità interno e ai vincoli che derivano dall'appartenenza dell'Italia all'Unione europea, anche sulla base dell'attività svolta dalle Sezioni regionali. Esamina a fini di coordinamento ogni tema e questione che rivesta interesse generale o che riguardi le indagini comparative su aspetti gestionali comuni a più Sezioni regionali. La Sezione delle Autonomie è presieduta dal Presidente della Corte dei conti ed è composta da due Presidenti di Sezione che lo coadiuvano, nonché dai Presidenti delle Sezioni regionali di controllo e da magistrati, nel numero stabilito dal Consiglio di Presidenza.